回答1:
根据《财政部 国家税务总局关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》(财税〔2000〕91号)规定,对个人独资企业和合伙企业的投资者个人的生产经营所得,比照“个体工商户的生产经营所得”应税项目,适用5%-35%的五级超额累进税率,计算征收个人所得。
回答2:
根据《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税〔2008〕159号)第二条规定,合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的,缴纳个人所得税;合伙人是法人和其他组织的,缴纳企业所得税。
回答3:
独立核算的分支机构,那总分公司相关的费用就各自核算,不能混,税务机构检查的时候也会把混的费用剔除,同时有可能因为总分公司之间的费用混在一起而采取核定征税。

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